El desaceitado separa el aceite crudo de la harina y estas dos materias primas pueden procesarse de muchas maneras. El resultado del refinado del aceite crudo es aceite refinado y ácidos grasos, además de derivados como lecitinas, esteroles y tocoperoles.
El aceite refinado puede someterse a un proceso de transesterificación para producir biodiésel o glicerina: estos se pueden tratar químicamente para obtener productos procesados posteriormente.
El otro caudal, la harina, se somete a procesos como la extracción (por ejemplo para obtener proteínas o componentes menores) y la fermentación. Los productos finales pueden ser proteínas aisladas, polifenoles, fitatos, polisacáridos y ácido láctico. Residuos, como la lignina, pueden utilizarse posteriormente, otros pueden liberar energía térmica.
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